Η θεμελιώδης αρχή της ψυχανάλυσης βλέπει το ασυνείδητο ως δεξαμενή για τις καταπιεσμένες αναμνήσεις τραυματικών γεγονότων, τα οποία συνεχώς επηρεάζουν τη συνειδητή σκέψη και συμπεριφορά. Δεν υπάρχει επιστημονική απόδειξη για αυτή τη θεωρία της απώθησης στο ασυνείδητο, αν και υπάρχουν επαρκή στοιχεία ότι η συνειδητή σκέψη και συμπεριφορά επηρεάζεται από τις αναμνήσεις και διαδικασίες του ασυνείδητου.
Με αυτές τις αμφισβητήσιμες υποθέσεις της ψυχανάλυσης σχετίζονται δύο εξίσου αμφισβητήσιμες μέθοδοι εξερεύνησης των υποτιθέμενων αναμνήσεων που κρύβονται στο ασυνείδητο: οι ελεύθεροι συνειρμοί και η ερμηνεία των ονείρων. Καμία από τις δύο μεθόδους δεν είναι ικανή επιστημονικής διατύπωσης ή εμπειρικού ελέγχου. Και οι δύο αποτελούν μεταφυσικές λευκές επιταγές για να θεωρητικολογεί κανείς κατά βούληση, χωρίς καμία επαφή με την πραγματικότητα.
Η επιστημονική έρευνα γύρω από τον τρόπο λειτουργίας της μνήμης δεν στηρίζει την ψυχαναλυτική θεώρηση του ασυνείδητου ως δεξαμενής για τις καταπιεσμένες σεξουαλικές και τραυματικές αναμνήσεις από την παιδική ή ενήλικη ζωή. Ωστόσο υπάρχουν επαρκείς αποδείξεις για την ύπαρξη ενός είδους ανάμνησης την οποία δεν γνωρίζουμε συνειδητά αλλά έχουμε στη μνήμη μας. Οι επιστήμονες την ονομάζουν άδηλη μνήμη. Αποδεικνύεται επαρκώς ότι για να έχει κανείς μνήμη απαιτείται εκτεταμένη ανάπτυξη των μετωπιαίων λοβών, η οποία δεν υπάρχει στα βρέφη και στα μικρά παιδιά. Επίσης, οι αναμνήσεις πρέπει να είναι κωδικοποιημένες για να διαρκέσουν. Η έλλειψη κωδικοποίησης σημαίνει αμνησία, όπως συμβαίνει με πολλά από τα όνειρά μας. Εάν η κωδικοποίηση είναι ασθενής, πιθανόν το μόνο που θα μείνει από το αρχικό βίωμα να είναι αποσπασματικές και άδηλες μνήμες. Έτσι, το ενδεχόμενο αναμνήσεων κακοποίησης από την βρεφική ηλικία είναι σχεδόν μηδενικό. Άδηλες μνήμες κακοποίησης όντως προκύπτουν αλλά όχι υπό τις συνθήκες που θεωρούνται η βάση της απώθησης. Οι άδηλες μνήμες κακοποίησης προκύπτουν σε περίπτωση που κάποιος είχε χάσει τις αισθήσεις του κατά την επίθεση και δεν μπόρεσε να κωδικοποιήσει αυτή την εμπειρία σε βάθος. Για παράδειγμα, ένα θύμα βιασμού δεν μπορούσε να θυμηθεί τον βιασμό. Η επίθεση είχε λάβει χώρα σε ένα πέτρινο μονοπάτι. Οι λέξεις «πέτρες» και «μονοπάτι» συνεχώς γύριζαν στο μυαλό της, αλλά δεν τις συνέδεε με τον βιασμό. Αναστατώθηκε πολύ όταν ξαναβρέθηκε στο χώρο του βιασμού, αν και δεν μπορούσε να θυμηθεί τι είχε συμβεί εκεί ( Schacter : 232). Είναι απίθανο η ύπνωση, οι ελεύθεροι συνειρμοί ή οποιαδήποτε άλλη θεραπευτική μέθοδος να βοηθήσει το θύμα να θυμηθεί τι της συνέβη. Δεν διαθέτει άδηλη μνήμη διότι δεν μπόρεσε να κωδικοποιήσει σε βάθος την τραυματική εμπειρία, λόγω της επίθεσης που την έκανε να χάσει τις αισθήσεις της. Το μόνο που θα μπορούσε να επιτύχει ένας ψυχαναλυτής ή οποιοσδήποτε θεραπευτής απωθημένων μνημών θα ήταν να δημιουργήσει στο θύμα μια ψευδή ανάμνηση, κακοποιώντας το για μια ακόμα φορά.
Ουσιωδώς συσχετιζόμενος με την ψυχαναλυτική αντίληψη της απώθησης είναι ο ισχυρισμός ότι η αντιμετώπιση των παιδιών από τους γονείς τους και ειδικά από τη μητέρα, είναι η πηγή πολλών, αν όχι των περισσότερων, προβλημάτων ενός ενήλικα, από διαταραχές προσωπικότητας και συναισθηματικά προβλήματα μέχρι πνευματικές ασθένειες. Δεν υπάρχει αμφιβολία για τα παιδιά που αντιμετωπίζονται σκληρά στην παιδική τους ηλικία, ότι η ενήλικη ζωή τους θα επηρεαστεί βαθιά από αυτό. Είναι μεγάλο όμως το νοητικό άλμα από αυτό το γεγονός στην αντίληψη ότι όλες οι σεξουαλικές εμπειρίες της παιδικής ηλικίας θα δημιουργήσουν προβλήματα αργότερα, ή ότι όλα τα προβλήματα της μετέπειτα ζωής, συμπεριλαμβανομένων των σεξουαλικών, οφείλονται σε βιώματα της παιδικής ηλικίας. Είναι ελλιπείς οι επιστημονικές αποδείξεις για αυτές τις αντιλήψεις.
Κατά πολλές έννοιες η ψυχαναλυτική θεραπεία βασίζεται σε μια αναζήτηση αυτού που πιθανώς δεν υπάρχει (απωθημένες αναμνήσεις από την παιδική ηλικία), σε έναν ισχυρισμό που πιθανώς είναι ψευδής (ότι τα βιώματα της παιδικής ηλικίας ευθύνονται για τα προβλήματα του ασθενή) και σε μια θεραπευτική θεωρία που δεν έχει σχεδόν καμία πιθανότητα να είναι σωστή (η θεωρία ότι η ανάκληση των απωθημένων αναμνήσεων στη συνείδηση είναι ουσιαστικής σημασίας για τη θεραπεία). Φυσικά αυτό είναι μόνο το θεμέλιο ενός περίπλοκου συνόλου ψευδοεπιστημονικών θεωριών που προσποιούνται ότι ερμηνεύουν τα βαθιά μυστήρια της συνείδησης και της συμπεριφοράς. Αλλά εάν τα θεμέλια είναι απατηλά, ποιο θα μπορούσε άραγε να είναι το μέλλον αυτής της ψευδαίσθησης;
Ωστόσο υπάρχουν και κάποια καλά που προέκυψαν από τη μέθοδο της ψυχανάλυσης, η οποία αναπτύχθηκε από τον Φρόιντ έναν αιώνα πριν στη Βιέννη. Ο Φρόιντ θα έπρεπε να θεωρείται ένας από τους μεγαλύτερους ευεργέτες μας μόνο και μόνο διότι πρωτοπόρησε με την επιθυμία του να κατανοήσει εκείνους που η συμπεριφορά και οι σκέψεις τους ξεπερνούν τα συμβατικά όρια που έχουν οριστεί από τον πολιτισμό και τις κουλτούρες. Το γεγονός ότι δεν αποτελεί πλέον μόδα η αποδοκιμασία και η γελοιοποίηση όσων έχουν διαταραχές σκέψης ή συμπεριφοράς, οφείλεται σε μεγάλο βαθμό στην ανοχή που καλλιέργησε η ψυχανάλυση. Επίσης, δεν μπορεί να θεωρηθεί υπεύθυνος ο Φρόιντ για την οποιαδήποτε μισαλλοδοξία, άγνοια, υποκρισία και σεμνοτυφία εξακολουθεί να υπάρχει αναφορικά με την κατανόηση της σεξουαλικής μας φύσης και συμπεριφοράς. Οι ψυχαναλυτές δεν τιμούν καθόλου τον Φρόιντ με την τυφλή προσκόλλησή τους στα δόγματα του δασκάλου τους σε αυτό ή οποιοδήποτε άλλο αντικείμενο. Τέλος, όπως το έθεσε ο ψυχίατρος Anthony Storr : «η τεχνική του Φρόιντ να ακούει θλιμμένους ανθρώπους για μεγάλες χρονικές περιόδους παρά να τους δίνει εντολές ή συμβουλές έχει θέσει τα θεμέλια για τις περισσότερες σύγχρονες μορφές ψυχοθεραπείας, με οφέλη τόσο στους ασθενείς όσο και στους θεραπευτές»